Vääksynjoki on ollut tärkeä vesireitti ja asuinpaikka jo muinaisina aikoina. Vääksyn nimi on saattanut muodostua esisuomalaisesta nimityksestä vieks, viiks tai vääks, joka tarkoittaa kahden järven välistä laskujokea.
Vääksynvirran vesivoima valjastettiin jo keskiajalla, ja vesimyllyjen ympärille muodostui pieni myllykylä kestikievareineen jo satoja vuosia ennen kanavan rakentamista. Viimeinen jäljelle jäänyt Vääksynjoen vesimylly oli toiminnassa 1950-luvulle saakka. Vääksynjoen varrella on kaksi lain suojaamaa muinaisjäännöstä: vanhan myllyn kivijalan lisäksi joen varrelta löytyvät Ylisen Viipurintien siltapenkereet, jotka kertovat tarinaa keskiaikaisesta, kanavan rakentamiseen asti käytössä olleesta tielinjauksesta.
1500-luvulla Vääksynjoesta pyydettiin ankeriaita Ruotsin hovipöytiin. Nykyisin joessa sijaitsee Suomen suurin ankeriasarkku, johon ankeriaita pyydetään aivan muista syistä: ankerias on rauhoitettu uhanalainen vaelluskala, ja ankeriasarkun avulla voidaan turvata sen vaellus Sargassomerelle. Vääksynjoella toimii myös kalanviljelylaitos, joka on rakennettu entisen keskimyllyn paikalle. Se aloitti toimintansa vuonna 1937 ja toimii edelleen.
Koska Vääksynjoki virtaa poikkeuksellisesti pohjoiseen, sillä ajateltiin entisaikaan olevan parantavia voimia. No, ainakin nykyihmiselle sen varsilla kulkevat polut ja joen ylittävät kaarisillat tarjoavat hyvinvointia edistävän luontoelämyksen. Pysähdy kuuntelemaan kosken kohinaa, joen virtausta, lintujen laulukonserttia…